"Geheime Spuren" war die Fortsetzung der bereits mit Erfolg ausgestrahlten Fernsehfilme "Geheimkommando Bumerang" (1966), "Geheimkommando Ciupaga" (1968) und "Geheimkommando Spree" (1968). In diesem neuen Dreiteiler konnten die Zuschauer eine spannende Handlung um eine Gruppe von Mitgliedern des Nationalkomitees "Freies Deutschland" in den letzen Tagen des 2. Weltkrieges und den ersten Monaten des konfliktreichen Neubeginns verfolgen.In den Straßen Berlins kämpfte in den letzten Kriegstagen ein SS-Kommando verbittert gegen die heranrückenden sowjetischen Panzer. Es wurde keine Rücksicht auf das Leben der Bewohner genommen, die dicht gedrängt in den noch vorhandenen Kellern verharrten. In dieser letzten Schlacht setzen Angehörige des Nationalkomitees "Freies Deutschland" ihr Leben aufs Spiel, als sie sich die Aufgabe stellten, das Leben der deutschen Anwohner und auch das Leben der sowjetischen Freunde mit aller Kraft zu schützen. So helfen sie als erstes einem Mädchen, das dem Krieg entrinnen wollte, aber in das Schussfeld des SS geriet.Nach dem Krieg wird der schon bekannte Toni Burian (Horst Weinheimer), ein zuverlässiger Kämpfer aus den bisherigen "Geheimkommando" - Folgen, von seinen Genossen in einem Bezirksamt Berlins mit dem Aufbau der Volkspolizei betraut. In enger Zusammenarbeit mit sowjetischen Genossen wie seinem alten Freund Boris Bykow (Gunter Schoß), der jetzt bei der Sowjetischen Militäradministration arbeitet, erlernt Burian seine neues "Handwerk" beim Einsatz für die antifaschistisch-demokratische Ordnung. In diesen Tagen ist SS-Führer Maschmann (Erik S. Klein), im Zusammenwirken mit anderen Nazis und orientierungslosen Jugendlichen, sein gefährlichster Gegenspieler.