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Da die US-japanische Anti-Terror-Organisation CIRS öffentlich bekannt geworden ist, wird eine neue Agentur für verdeckte Missionen ausgegliedert: SORD (Social Ops, Research and Development). Das Ziel ist es, eine neue Generation von Agenten auszubilden, die das Land gegen zukünftige Bedrohungen verteidigen sollen. Zu diesem Zweck hat die Organisation eine Reihe von Schulen im ganzen Land eingerichtet.

Auch die Mihama-Akademie gehört dazu und ist nun die Heimat einer Gruppe von Schülern, die jeden Tag daran arbeiten, ihre einzigartigen Fähigkeiten zu verbessern. Hier werden soziale Außenseiter, meist junge Mädchen, trainiert und unterrichtet. Das Team um Haruto stürzt sich immer wieder in gefährliche Missionen – alles zum Wohle des Landes, das sie verstoßen hat.